常见的水族箱过滤器大概可分为以下几种：

　　顶部过滤器。将过滤装置置于水族箱顶部，用一水泵抽到过滤器中，过滤器为一长形盒，内置丝棉、生化棉、过滤砂、活性炭等滤材，过滤后水从盒底流入水族箱中。这是最传统的过滤器。设置容易，价格低廉，清洗方便，但不利有益菌生长。

　　沉水过滤器。过滤装置沉入水中，滤材浸泡在水中，较利于有益菌的生长，噪声较小。物理过滤效果较差，比较适用于中小型水族箱。

　　底部过滤器。把过滤板置于水族箱底部，上面覆盖上底砂。由于含氧水流穿过底砂，底砂上有较多有益菌繁衍，生物净化效果较明显。安装较复杂。

　　外置式过滤器。外置式过滤器分外部吊挂式过滤器和下部过滤器等多种形式。外挂式过滤器是将过滤装置吊挂于侧面或上方。以潜水泵将水抽进滤槽内，经由滤材滤净后再流入水族箱中。优点是清洗容易，使用方便，但较不易生长硝化细菌。下部过滤器 一般用于高档商品水族箱，安装在水族箱下部的橱中，用管道与上部的水族箱连接，放多种较好的过滤材料，效果较好。

　　滴流式过滤器。水族箱的水由上、中、下三个部位分别进入溢流管流到过滤水槽中，水槽中放置多种滤材，多种方式相结合，过滤效果好，多用于海水水族箱。

　　蛋白质分离器。利用液体表面张力的吸附力来去除水中杂质及有机蛋白质，多用于海水水族箱。